Суперкомпьютер мог измениться, как лечатся заболевания

суперкомпьютер

Медицинское сообщество все более и более поворачивалось к генетической информации, чтобы выяснить, лечить и не допустить заболевание у людей; но анализ информации от единственного генома может занять большое количество месяцев. Сейчас, исследователи, трудящиеся с одним из самых стремительных суперкомпьютеров в мире, в состоянии получить информацию по 240 полным геномам лишь через 2 дня.

Дабы проверить Гончую, врач Макналли и коллеги применяли сырые информацию об упорядочивании от 61 генома человека и проанализировали их на суперкомпьютере.Команда говорит, что, по причине того, что геном есть такими обширными, клиническими генетиками, выбрали упорядочивание exome, включающее внимательно смотрение меньше чем на 2% генома в регионах тот кодекс для белков.«Он преобразовывает целое упорядочивание генома, в первую очередь употреблявшееся в качестве инструмента изучения, во что-то, что срочно полезно для контроля за больным», говорит первый создатель Меган Пакелварц.«Методом обращения внимания на участников семьи с генами, подвергающими их повышенному риску, но кто еще не показывает симптомы болезни, мы можем изучить ранние фазы нарушения.

В этом урегулировании любой больной есть проблемой громадных данных», додаёт она.Команда отмечает, что уменьшающаяся цена производства последовательностей ДНК ведет к повышению целого упорядочивания генома. Но это сейчас приводит «к вычислительному узкому месту» из-за ограниченной власти анализа нескольких геномов сходу.

Врач Макналли говорит, что эти улучшения снижают цену за геном, додавая, что «цена за анализ всего генома есть меньше, чем цена взора на легко фракцию генома».Помимо этого, команда говорит, что данный способ анализа высвободит ученых узкого места, испытывали с более недорогим и более стремительным генетическим упорядочиванием.Врач Макналли говорит, что их результаты изучения имеют медицинские заявления, каковые смогут срочно быть применены в Сердечно-сосудистой клинике Генетики, где они надеются на рассмотрение генов от начального их членов и пациента семьи, чтобы выяснить, лечить либо не допустить заболевание.Не обращая внимания на то, что 85% мутаций, вызывающих болезни, находятся в этих областях, другие 15% клинически серьёзных мутаций прибывают из некодирования областей.

Раньше именуемый «ДНК барахла», эти мутации от некодирования областей, как сейчас известно, имеют значение.Но анализ этих областей требует упорядочивания целого генома.

Совершенно верно названная Гончая – в отношении судна, сопровождавшего Чарльза Дарвина на его известной научной поездке в 1831 – компьютер, базируется в Аргонне Национальная Лаборатория в Иллинойсе. Размещенный в Научном строении Вычислений и Теории, Гончая поддерживает вычисление, анализ и моделирование данных для биомедицинского научного сообщества.Гончей есть Крэй суперкомпьютер XE6. Это смогло в один момент проанализировать 240 полных геномов всего через 2 дня.

Кредит изображения: Аргонн Национальная ЛабораторияИсследователи, из Университета Чикаго, с далека результаты собственного анализа в издании Bioinformatics.Врач Макналли додаёт:

Врач Элизабет Макналли, доктор наук АДЖА Карлсона Медицины и Людской директора и Генетики Сердечно-сосудистой клиники Генетики в Медицине Университета Чикаго, говорит:«Это – ресурс, что может поменять лечение больных и, в течение продолжительного времени, добавить глубину к нашему пониманию генетических обстоятельств болезни и риска».«В 2007 мы сделали отечественную первую группу с пятью генами.

Сейчас мы заказываем 50 – 70 генов за один раз, что в большинстве случаев приобретает нас ответ. В том пункте это возможно более нужным и менее дорогим упорядочить целый геном».Из-за чего целый геном упорядочивает такой полезный?

Методом изучения этих геномов в свете семейных историй и пациента, она говорит, что они смогут взять больше знания о наследственных нарушениях.Применяя лишь одну четверть суммарной мощности Гончей и общедоступного ПО, команда отыскала, что это улучшило точность и существенно ускорило скорость.

Результаты изучения имеют ‘яркие медицинские заявления’«Мы начинаем генетическое тестирование с больного, но в то время, когда мы находим большую мутацию, мы должны думать о тестировании всей семьи идентифицировать людей в опасности», говорит она.Вместо того, дабы наблюдать на геномы по одному, суперкомпьютер может обработать большое количество геномов в один миг. сравнительно не так давно сказанный относительно исследования, изданного в предложившей Генетике PLOS, кое-какие генетические варианты имели возможность указать наличие редких генетических мутаций, каковые должны все же быть найдены.

Исследователи заявили, что их открытие может указать на генетическое «недостающее звено», которое имело возможность раскрыть ранее малоизвестные механизмы сзади распространенных болезней.

KRISTMAS.RU