Ученые сливают статистику, биологию, чтобы произвести важный новый генный вычислительный аппарат

Сейчас, два исследователя Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе придумали вычислительный аппарат, что увеличивает надежность измерения, как очень сильно гены выражены в отдельной клетке, кроме того в то время, когда клетка чуть просматривает определенные гены. Изучение было издано в прошлом месяце в издании Nature Communications.«Последовательность ДНК – то же самое в клетке головного мозга, сердечной и клетке печени клетке», сообщила Джингий «Джессика» Ли, доцент и соответствующий автор исследования Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе статистики. «Из-за чего те клетки выглядят так отличающимися?

Главная вещь – экспрессия гена».ДНК кодирует данные, должен был создать и руководить организмом. Но действия и задача чтения на те данные падает на РНК, долгие берега мобильных молекул, каковые транспортируют генетические руководства в другие части клетки.

Соответствуя разным молекулам РНК в клетке, исследователи смогут сообщить, какие конкретно гены активны – либо «выразили» – и до какой степени.Но, в случае если молекулы РНК присутствуют лишь в малых количествах, аналитические инструменты смогут дурачиться, заставляя думать, что соответствующие гены не активны по большому счету.

Если не исправлено для, эти «выгнанные с работы» смогут нарисовать вводящую в заблуждение картину о фактических различиях между клетками.«Если Вы желаете взять нужную биологическую данные на отдельном уровне клетки, тогда Вы должны сделать кое-какие статистические выводы», сообщил Ли, что есть кроме этого главой Биологии лаборатории и Соединения Статистики. «В противном случае Ваши заключения смогут быть неправильными».Ли и Вэй «Вивиан» Ли, докторант в отделе Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе статистики, проектировали статистическое аналитическое ПО для обработки выгнанных с работы в упорядочивающей РНК.

Их инструмент, названный «scImpute», оценки, каковые гены в клетке, вероятнее, опустят на базе изучения всех отдельных клеток в опыте. Инструмент тогда применяет данные от аналогичных клеток, дабы высказать образованное предположение о том, каков уровень экспрессии гена должен быть.Применение оценок не новое.

Но дешёвые инструменты либо через чур обширно – обменивающий все экспрессии гена одной клетки с другим – либо гиперспециализированы для конкретного типа изучения. Преимущества scImpute – «универсальность и гибкость», сообщила Джессика Ли. Действия инструмента с хирургической точностью, дабы заменить лишь изобилие, которое, вероятнее, выбыло и может употребляться в любом типе анализа экспрессии гена единственной клетки.Во всесторонних тестах Вивиана Ли и на моделируемых и на фактических данных – кое-какие из которых воображают эмпирические свидетельства для фактических уровней экспрессии гена – scImpute более точен, чем другие способы.

ПО точно отличает гены выгнанного с работы от тех, которых не высказывают по большому счету, и оно снабжает правильные оценки фактического изобилия.Общедоступное ПО доступно безвозмездно онлайн как добавление для обширно применяемой научной вычислительной платформы для статистического анализа, известного как R программирование внешней среды.Эти два исследователя доказали, что scImpute трудится прекрасно в маленьких группах клеток, в то время, когда проценты отсеявшихся низкие. Но в большой части населения, проценты отсеявшихся смогут превышать 90 процентов генов.

Их следующая цель пребывает в том, дабы сделать инструмент столь же надежным в тех обстановках. Одалживая данные у других генов – не только вторых клеток – и у баз данных онлайн, они считают, что scImpute может стать надежным инструментом для всех обстановок.

Это изучение было поддержано Начинающим Изучения Фонда PhRMA Грантом в Информатике, и грантами от Подразделения Национального научного фонда Математических Национального Института и Наук Национального Университета Здоровья Неспециализированных Медицинских наук.

13 комментариев к “Ученые сливают статистику, биологию, чтобы произвести важный новый генный вычислительный аппарат”

Оставьте комментарий