Новый метод обращается к воспроизводимости в вычислительных экспериментах

Воспроизводимость изучения очень важна, дабы продвинуться в науке. К сожалению, и в соответствии с обзорам и недавним исследованиям, количество невоспроизводимых опытов возрастает, и воспроизводимость изучения сейчас признана одной из главных неприятностей, к каким ученые, учреждения, журналы и основатели должны обратиться для науки, дабы остаться возможными и прогрессировать .Чтобы выяснить геномные эти, ученые все больше надеются на комбинацию ПО, названного трубопроводами.

Эти трубопроводы обрабатывают эти и поставляют аналитические результаты, такие как генетические риски, к примеру. К сожалению, результаты этих трубопроводов не всегда восстанавливаемы. В эру медицины точности эта ограниченная воспроизводимость может иметь ответственные последствия для отечественного здоровья.

Сейчас, команда исследователей в Центре Геномного Регулирования (CRG) в Барселоне, Испания, во главе с Седриком Нотредэймом, развивала совокупность управления технологическим процессом, которая гарантирует воспроизводимость в вычислительных опытах. Совокупность, названная Nextflow, была обрисована в текущей проблеме Биотехнологии Природы. «Делая вычислительный анализ, маленькие трансформации через вычислительные платформы смогут привести к числовой нестабильности тот итог в irreproducibility. Nextflow разрешает ученым избегать этих трансформаций и содействует стандартизации хороших способов в вычислительных опытах,» растолковывает Седрик Нотредэйм, ведущий создатель статьи.«Мелкое изменение, может казаться, не неприятность, применяя геномные данные в конкретной научно-исследовательской работе, но, кроме того самые мелкие трансформации смогут быть очень важными, в случае если мы используем эти заключения решить, к примеру на лечении лекарством точности». додаёт Паоло Ди Томмазо, первый создатель статьи. «Irreproducibility будет основной проблемой в медицине точности», он завершает.

Содержа irreproducibilityГлавная обстоятельство для irreproducibility – сложность современных компьютеров. Со программным обеспечением и всеми библиотеками они содержат, компьютеры похожи на автомобили, сделанные из миллиардов подвижных частей.

Применяя совершенно верно тот же самый трубопровод и те же самые эти, маленькие трансформации через компьютеры смогут привести к irreproducibility. Ответ данной неприятности снабжает не только программное обеспечение и данные, вместе с тем и полную предварительно сконфигурированную внешнюю среду исполнения в рамках нового поколения разработки виртуализации, названной контейнерами. Команда CRG осуществила Nextflow как инструмент, дабы руководить вычислительным технологическим процессом наровне с его зависимостями при помощи этих контейнеров. «Это похоже на замораживание опыта, так, все рвение к репродуцированию его смогут сделать это тот же самый путь, не имея необходимость вручную повторно вводить сложные конфигурации.

Данный метод сделать вещи гарантирует, что тот же самый комплект данных приведет к тем же самым итогам где угодно,» растолковывают авторы.Nextflow оказывает помощь объединить самые сложные ресурсы для воспроизводимости: Zenodo для данных, GitHub и Докер для ПО и облако для вычисления. Это снабжает поворотный момент для хорошей практики в вычислительной обработке громадных комплектов данных. CRG сейчас посвящает себя помощи, содействующей этому ответственному нюансу современной биологии, делая данный новый ресурс для научного изучения, вместе с тем и для клинического и коммерческого производства.

Это кроме этого организует серию семинаров и курсов, посвященных применению Nextflow и его внедрению сообществом.

11 комментариев к “Новый метод обращается к воспроизводимости в вычислительных экспериментах”

Оставьте комментарий