Исследователи из Университета Карнеги-Меллон, Каменный Онкологический университет Университета и Даны-Фарбера Ручья объявил, что их способ, названный Сэлмоном, в состоянии исправить для технических уклонов, каковые, как мы знаем, происходят на протяжении упорядочивающей РНК, либо РНК-seq, ведущего способа для оценки экспрессии гена. Помимо этого, это действует на аналогичных скоростях в качестве вторых стремительных способов – критический фактор, потому, что эти тесты становятся более распространенными и бессчётными.
Их отчет публикуется онлайн 6 марта изданием Nature Methods. Карл Кингсфорд, адъюнкт-доктор наук в Вычислительном Отделе Биологии CMU, заявил, что исходный код Сэлмона в свободном доступе онлайн и уже был загружен тысячами пользователей.«Лосось предоставляет намного более богатую модель опыта РНК-seq и вероятных уклонов, каковые, как мы знаем, происходят на протяжении упорядочивания», заявил Кингсфорд.
Это принципиально важно, он добавил, по причине того, что эта техника все больше употребляется для их подтипов и классификации болезней, познание трансформаций экспрессии гена на протяжении отслеживания и развития развития рака.Не смотря на то, что организация генетического материала организма статична, деятельность отдельных генов варьируется существенно со временем, делая экспрессию гена ответственным причиной в понимании, как трудятся организмы и что происходит на протяжении процессов заболевания.
Активность гена не может быть действенно измерена конкретно, но возможно выведена, осуществляя контроль РНК, молекулы, каковые несут данные от генов для производства белков и других клеточных действий.РНК-seq – ведущая разработка для производства этих снимков активности гена. Но в зависимости от проанализированной ткани и путь подготовлен любой пример, разные экспериментальные уклоны смогут случиться и позвать РНК-seq, «просматривает», дабы быть сверх – либо под – выбран от разных генов, заявил Кингсфорд.«Не смотря на то, что мы знаем многие виды уклонов, каковые смогут случиться, моделирование их должно случиться на базе примера примером», добавил он. «И если Вы должны выстроить сложную модель уклона применение классических способов, вправду требуется большое количество времени».
Исследователи назвали способ в честь рыбы известным плаванием вверх по течению, по причине того, что это применяет метод, что может оценить уровень экспрессии и эффект уклонов генов как потоки экспериментальных данных.«Так это в состоянии создать богатую модель уклона и сделать так примерно с таковой скоростью, как другие стремительные аналитические инструменты», заявил Кингсфорд.