Новое генное программное обеспечение упорядочивающего могло помочь в раннем обнаружении, лечении рака: Цифровой инструмент обнаружения будет разделен свободно по сети

20010,0,3500,

В выпуске 20 февраля журнала Nature Methods члены команды из Университета Джонса Хопкинса, Института Онтарио Исследований рака и Университета Торонто подробно изложили свой многообещающий новый метод обнаружения присутствия дополнительной отметки на DNA, названной цитозином methylation.Цитозин – один из четырех главных генетических стандартных блоков или нуклеотиды, которые составляют ДНК.

Methylation просто отсылает к присутствию биохимического (метил) группу, приложенную к нуклеотиду в этом цитозине случая. Эта измененная версия цитозина может затронуть способ, которым важные гены включены или прочь.

Такие генетические промахи могут играть опустошение со здоровой деятельностью в клетках.Исследование этих отметок важно для исследователей, которые пытаются придавить точную роль methylation в различных проблемах со здоровьем.

Но у текущих методов отображения methylation каждый есть упрямые недостатки, такие как резкая обработка образца ДНК и потребности использовать особенно большие и предварительно рассматриваемые образцы ткани.Новое программное обеспечение, описанное по своей природе Методы, используется с коммерчески доступным устройством упорядочивающего нанопоры.

Авторы говорят, что эта техника непосредственно характеризует ДНК methylation от меньших образцов ткани. «Мы показываем, что с тщательным анализом данных об упорядочивающем нанопоры можем извлечь этот дополнительный слой информации», сказал ведущий автор Джаред Т. Симпсон, научный руководитель в Информатике и Биовычислительной Программе в Институте Онтарио Исследований рака и доцента информатики в Университете Торонто.Программное обеспечение международной команды разработано, чтобы работать с программой упорядочения Oxford Nanopore Technologies MinION, примерно размер большого флеш-накопителя USB. Когда эта единица используется, ДНК выжита 512 чрезвычайно маленьких отверстий, поскольку электрический ток проходит.

Отличительные изменения в токе как шаги ДНК через отверстие позволяют программному обеспечению определять последовательность ДНК, и теперь отметки methylation на ДНК также.В газете Методов Природы исследователи сказали, что сначала использовали искусственно methylated ДНК, чтобы «обучить» их программное обеспечение различать methylated цитозин и цитозин, который испытывает недостаток в решающем биохимическом приложении.

Члены команды тогда проверили процесс программного обеспечения на образцах ДНК, полученных из человеческих клеток рака молочной железы, и успешно обнаружили изменения в methylation между раком и нормальными образцами.«Эта техника может прочитать длинные куски ДНК и видеть изменения в степени methylation в образце», сказал Уинстон Тимп, доцент биоинженерии в Джонсе Хопкинсе, который контролировал исследование и был ведущим автором статьи в журнале. «Это позволило нам посмотреть на то, как изменения в methylation появляются на отдельных молекулах, поскольку они проходят через эту пору».Такая информация важна, исследователи говорят, потому что дефектный methylation, как полагают, играет роль во врожденных дефектах и болезнях, таких как ревматоидный артрит, а также рак. «Мы уже знаем», сказал Тимп, «это изменения methylation обнаруживается рано в развитии рака».

Он сказал, что больше информации о ДНК methylation могло быть полезным в создании новых способов диагностировать рак в более ранней стадии и развитии нового лечения, которое предназначено более точно к организации генетического материала пациента.Чтобы помочь продвинуть такое исследование, члены команды сделали свое программное обеспечение упорядочивающего нанопоры для обнаружения ДНК methylation доступным на свободной общедоступной основе в https://github.com/jts/nanopolish.

«Мы проводили эту линию исследования критический шаг вперед вперед», сказал Тимп. «Моя надежда состоит в том, что другие в этой области начнут использовать программное обеспечение сразу же».«Поздравления членам команды из Университета Джонса Хопкинса, Института Онтарио Исследований рака и Университета Торонто на их новом генном программном обеспечении упорядочивающего и результатах», сказал Реза Мориди, министр Онтарио исследования, инноваций и науки. «Это новое понимание ДНК methylation могло помочь привести к новым и инновационным способам диагностировать и лечить рак».

5 комментариев к “Новое генное программное обеспечение упорядочивающего могло помочь в раннем обнаружении, лечении рака: Цифровой инструмент обнаружения будет разделен свободно по сети”

  1. Рюзьке свиньи,любят себя показать за границей,макияжи одежда от кутюр,а вечером пьяные в жепу,рылами в тарелках засыпают,позорище!:))

  2. Пока рашнявые барины по заграницам катаются,рядовых чушкарей стращают спецслужбами,б.ы.д.л.о должно сидеть в стране и пахать на благо их бояр и хозяев!)

Оставьте комментарий