Математика поддерживает новый способ классифицировать вирусы на основе структуры

Команда создала новый высоко чувствительный вычислительный инструмент прототипа и применяла его, дабы найти неспециализированные черты в генетическом коде вирусов с подобными внешними структурами, каковые простые инструменты не нашли, предложив, дабы они поделили неспециализированного предка. Это не то, что ожидалось бы, в случае если неспециализированные черты в структуре вирусов происходили из-за аналогичных экологических давлений – явление, известное как сходимость.

Результаты, изданные в Издании Вирусологии, предполагают, что вирусная структура имела возможность дать средству категоризации вирусов с их родными родственниками – возможно превосходящий подход к текущим совокупностям классификации. Использование данной новой основанной на структуре совокупности классификации имело возможность уменьшить определять и разглядывать сравнительно не так давно появляющиеся вирусы, каковые не смогут легко быть классифицированы с существующими совокупностями классификации.

Вирусы общеизвестно тяжело классифицировать из-за их огромного разнообразия, тенденции и высоких показателей изменения обменять генетический материал. Они бросают вызов самому понятию ясного различия между проживанием и мертвыми, со многими изюминками, напоминающими те из живых существ, но испытывающими недочёт в способности размножиться, без помощи клетки – хозяина. По сути, они не соответствуют бережно установленной биологической совокупности классификации для клеточных организмов.

Существующие совокупности классификации несовершенны и довольно часто приводят к весьма похожим вирусам, категоризируемым как совсем разные фирмы. Эти совокупности кроме этого неспособны составлять то, что вирусы всегда изменяются.В случае если ученые имели возможность бы выяснить что-то, что вирусы неспособны поменять, это имело возможность обеспечить основание для более значащего подхода к классификации и разрешить научному сообществу заняться появляющимися вирусами, такими как ВИЧ, коронавирус SARS и вирус Зика, более легко.

Ранее замечаемые неспециализированные черты между раковиной белка либо ‘капсула вируса’, вирусов – что прилагает и защищает генетический материал – снабжают основание для совокупности классификации на базе структуры капсулы вируса, как ранее предложено доктором наук Бэмфордом. Пара дорог, которым вирусным пакетом самих весьма похожи, кроме того между вирусами, у которых, возможно, будет их неспециализированный родственник больше чем миллиард лет назад. есть ли это сохранение из-за сходимости, либо неспециализированный спуск оспаривался.Для совокупности классификации на базе вирусной структуры капсулы вируса, дабы быть значащими, аминокислоты, каковые снабжают стандартные блоки белков капсулы вируса, должны быть подобными у связанных вирусов.

Кажущееся отсутствие достаточного подобия последовательности аминокислот, забранного простыми аналитическими инструментами последовательности ранее, подорвало структуру капсулы вируса как жизнеспособный метод классифицировать вирусы.Применяя идеи от математики и информатики, доктор наук Синклер от Математического Отделения Биологии OIST трудился с учеными из Хельсинкского университета, дабы повторно заняться расследованиями, поддержана ли основанная на структуре классификация для вирусных капсул вируса в действительности ранее необнаруженным подобием последовательности.«Простые инструменты для обнаружения подобия последовательности весьма стремительны, но они смогут пропустить вещи», говорит доктор наук Синклер. «Мы применяли более хороший подход, что занимает больше времени, но намного более чувствителен».

Команда создала вычислительный инструмент прототипа, названный ‘Хельсинки Подобие Последовательности Окинавы’ либо МЕРИН, в случае если кратко, дабы найти подобие последовательности аминокислот в вирусных белках пальто двадцатигранных вирусных капсул вируса – многогранные капсулы вируса с 20 лицами. Команда кроме этого взглянуть на подобие последовательности нуклеотида.

«Непоследовательно переставляя заказ нуклеотидов и аминокислот в парах либо тройках вирусных последовательностей, мы применяли статистику, дабы отыскать ранее необнаруженные неспециализированные черты ниже 17%-й идентичности последовательности белка, существенно ниже того, какие конкретно простые инструменты способны к обнаружению», говорит доктор наук Деннис Бэмфорд.Обнаружение очень не сильный неспециализированных линия в белке и кодирующих последовательностях МЕРИНОМ предполагает, что вирусные неспециализированные черты капсулы вируса происходят из-за неспециализированного происхождения, не сходимости, как ранее подозревается. Это может отразить нюанс вирусов, что есть очень тяжёлым поменять, и следовательно обеспечить и жизнеспособный подход к классификации и потенциальную терапевтическую цель.«Отечественная работа первая, дабы связать структурные происхождения с последовательностями так всесторонне», говорит доктор наук Синклер.

Команда кроме этого показала власть их способа, выяснив ген капсулы вируса кандидата в геноме Pandoravirus salinus, что-то, что никакая вторая команда не была в состоянии сделать.Сейчас, в то время, когда исследователи продемонстрировали, что имеется неспециализированные черты между вирусами, каковые были ранее необнаруженной, предстоящей работой, сосредоточится на нахождении более действенных способов извлечения данных, вне прототипа МЕРИНА.«Мы кроме этого начали перемещать отечественный центр вирусам РНК, из которых вирус Зика и вирус Эбола – примеры.

Геномы вирусов РНК имеют тенденцию быть более весьма переменными, чем вирусы ДНК и исходя из этого еще более сложны», говорит доктор наук Синклер. «Но с усовершенствованным способом, это могло быть вероятно».

8 комментариев к “Математика поддерживает новый способ классифицировать вирусы на основе структуры”

  1. Еськин Кузьма

    Путин заявил, что Россия была вынуждена "защищать русскоязычное население" на Донбассе и в Крыму!Кем?И почему ваши боты ВВ )(уйло говорят обратное,(ИХТАМНЕТ)!:)))

  2. Созыкин Владислав Андронович

    Петушье рашнявое я тут,чего ниже ждущие хотели?Не я на сегодня изррасходовал на вас сперму,буду вас свиней кормить своим ввискасным гавном,вы согласны….единогласно….))

Оставьте комментарий