Гибридная вычислительная стратегия эффективного упорядочивания крупных наборов данных генома

Команда, во главе с Центром Упорядочивающего Генома человека Медицинского колледжа Бэйлора, трудилась с Когортами для Сердца, и Стареющее Изучение в Геномной Эпидемиологии, дабы проанализировать больше чем 5 000 целых геномов упорядочило образцы с десятилетиями медицинской информации, которая связана с неспециализированными хроническими заболеваниями. Упрочнение включало исследователей от DNAnexus, Университета Райса и Людской Центра Генетики в Университете научного центра здоровья штата Техас.

Широкомасштабный геномный анализ был ограничен отсутствием инфраструктуры для обработки больших комплектов данных и классической вычислительной инфраструктуры, измеренной не хорошо, приведя к непрактично временам долгого периода, низкокачественным итогам и вычислительным узким местам.Новый подход решает эти неприятности, соединяя пара сильных вычислительных ресурсов, дабы поставить отличный чувствительный анализ тысяч генетических образцов вовремя.«Это – отличный пример двух научных сообществ, объединяющихся, дабы решить непростые научные неприятности.

Мы рады играть роль в проведении анализа для того чтобы беспрецедентного уровня», сообщил Манджунэт Горентла Венкэта, программист и соавтор ORNL. «Тогда как исследователи от Бэйлора обсудили проблему, у нас не было готового ответа. По окончании многократных дискуссий мы были уверенны, что отображение компонентов трубопровода на базе системных преимуществ архитектуры и покрой параметров к архитектуре предоставят качественному анализу довольно маленький благоприятный поворот».

Гибридный трубопровод обработал больше чем 5 300 целых образцов генома за шесть недель и возможно измерен, дабы проанализировать больше чем 10 000 образцов с той же самой спецификой и высокой чувствительностью. Вся операция применяла 5,2 миллионов главных часов и передала шесть терабайт данных через все платформы.Команда применяла Рею вычислительная несколько на Средстве для Вычисления Лидерства Ок-Риджа, дабы вернуть хромосомные сегменты, унаследованные от своих родителей и статистически угадать состав неполных либо недостающих генетических последовательностей от найденных генетических маркеров. Данный ход был самый в вычислительном отношении интенсивен и “настойчиво попросил” самого громадного количества права вычислить возможности самые вероятных генетических образцов.

Больше чем 75 процентов этого шага были закончены на Рее, и другое было закончено на суперкомпьютерах в Университете Райса.Бэйлор применял внешнюю среду облачных вычислений веб-сервисов Amazon, дабы хранить данные и найти генетические варианты через тысячи образцов генома.«Это был обширный опыт трудиться с поставщиком Облака, таким как DNAnexus, и Окриджская Университет и национальная лаборатория Райса, применив их платформы облака и суперкомпьютерные средства, дабы обратиться к разным вычислительным проблемам», сообщил Фули Ю, доцент в Колледже Бэйлора. «Беспокойство в этом изучении не только масштаб, вместе с тем и междисциплинарный темперамент на разных уровнях данной операции».Подробности изучения смогут быть отысканы в документе команды, «Гибридная вычислительная стратегия обратиться к разному анализу WGS в> 5 000 образцов» издала в Биоинформатике BMC.

Чжои Хуан и Навин Растэджи от Центра Упорядочивающего Генома человека в Медицинском колледже Бэйлора приложили упрочнения для данной статьи в сотрудничестве с Нэраянэном Вирарагэвэном и Ричардом Гиббсом из Медицинского колледжа Бэйлора, Эндрю Кэрроллом от DNAnexus, Эриком Боервинклом из Университета научного центра здоровья штата Техас и Manjunath Gorentala Venkata из Окриджской национальной лаборатории. Фули Ю из Медицинского колледжа Бэйлора был ведущим автором изучения.

Средство для Вычисления Лидерства Ок-Риджа – Офис САМКИ Научного Пользовательского Средства.

11 комментариев к “Гибридная вычислительная стратегия эффективного упорядочивания крупных наборов данных генома”

  1. Однополярный мир,это когда вето используют в качестве прикрытия собственных интересов,иди аграрией занимайся,дои бычков,бульбу выращивай!)

  2. Путинцева Валентина

    Латвия на границе с Россией построит 90 км забора -высокий да под напряжением,чтоб <span class="censored">[censored]</span> ы не мучались

Оставьте комментарий