Исследователи развивают новый способ расшифровать большие суммы биологических данных: Открытие могло радикально ускорить понимание геномной информации

Сейчас, два исследователя развивали инновационную вычислительную технику, которая, на больших количествах данных, и стремительнее и более правильна, чем текущие способы. Дабы поощрить изучение, программа, применяя эту технику предлагается безвозмездно биомедицинскому научному сообществу.«Это – совсем новый подход с многократными возможностями для предстоящего развития», сообщил Эндрю Ф. Нойвальд, врач философии, доктор наук Биохимии & Молекулярной биологии в Университете Наук Генома (IGS) в Медицинской школе Университета Мэриленда.

Описание нового способа было издано сейчас в Вычислительной Биологии PLOS. Врач Нойвальд сотрудничал на работе со Стивеном Ф. Алчулом, врачом философии, главным следователем в Национальном Центре информации о Биотехнологии в Национальных Университетах Здоровья.Геномные информацию о последовательности кодируют данные относительно структуры и функции белков, каковые включают главное клеточное оборудование и так определяют функцию и структуру всех микробов, животных и растений.Новую программу именуют ШТУКОВИНОЙ, акронимом для «Гиббса Сэмплера для Оптимизации Мультивыравнивания».

Гиббс, пробующий, статистическая техника для ответа сверхсложных неприятностей, есть центральной изюминкой подхода. В этом случае выборка употребляется, дабы отыскать биологические сигналы – соответствующие образцы, каковые смогут оказать помощь ученым лучше осознать, как трудятся организмы. Нойвальд говорит, что подход усиливает простые программы выравнивания последовательности, каковые, в отличие от ШТУКОВИНЫ, смогут легко перепутать случайные образцы в данных для биологически настоящих сигналов.Ток обширно применяемые способы, в большинстве случаев, сравнивает каждую последовательность с любой последовательностью; это предельно занимает большое количество времени, дабы вычислить для комплектов ста тысяч либо больше связанных последовательностей белка, каковые сейчас доступны для анализа.

Нойвальд обрисовывает эти способы как «восходящие». Он и врач Алчул развивали технику, которая есть «вершиной вниз»; вместо того, дабы сравнить последовательности между собой, это сравнивает каждую последовательность с развивающейся статистической моделью. Данный подход не только стремительнее, но и кроме этого лучше в нахождении биологически соответствующих сигналов, каковые смогут, к примеру, оказать помощь исследователям распутать механизмы, лежащие в базе рака и унаследованных заболеваний. Эта техника прогрессивно делается стремительнее, чем другие способы, как размер комплекта данных делается больше.

Врач Нойвальд имеет разный фон, в молекулярной биологии, статистике и информатике Bayesian и трудился над данной техникой в течение многих лет. Врач Алчул, формальное обучение которого находится в математике, первенствовал автором на двух знаменательных публикациях, обрисовывающих популярные программы поиска базы данных последовательности ВЗРЫВ и PSIBLAST. Они подтвердили превосходящую работу ШТУКОВИНЫ на громадных, разнообразных комплектах последовательности, проверив его против пяти обширно применяемых простых способов.

Врач Нойвальд взволнован потенциалом ШТУКОВИНЫ: «Потому, что исследователи обнаружили методы убыстриться и улучшить простые способы на протяжении многих лет и по причине того, что ШТУКОВИНА проявляет таковой новый и второй подход, я уверен, что мы можем сделать ШТУКОВИНУ еще более стремительным и более правильным продвижением».

11 комментариев к “Исследователи развивают новый способ расшифровать большие суммы биологических данных: Открытие могло радикально ускорить понимание геномной информации”

Оставьте комментарий