С целью этого Калифорнийский университет, Медицинская школа Сан-Диего Роб Найт, врач философии, и его команда выстроил аналитическую платформу микробиома называющиеся QIIME (заявленный «перезвоном» и маленький для «Количественного Понимания Микробной Экологии»). Это ПО сейчас будет с большей готовностью доступно для сотен тысяч исследователей во всем мире через BaseSpace, облачный App Store, предлагаемый Illumina, находящейся в Сан-Диего компанией, которая разрабатывает инструменты науки о жизни для анализа наследственной изменчивости.
«Ранее, мы надеялись на научные публикации и личные контакты, дабы распространить слово о QIIME, и после этого пользователи должны были загрузить пара разных достаточно программ на собственные компьютеры. Пользователям кроме этого были необходимы кое-какие технические программные навыки, дабы применять QIIME», сообщил Найт, учитель педиатрии и разработки и информатики. «Трудясь с Illumina, не только будет еще многие исследователи сейчас быть в состоянии получить доступ к QIIME от облака, интерфейс BaseSpace сделает намного легче для нетехнических исследователей проанализировать их эти.
Это продвижение существенно ослабит узкое место во множестве людских и экологических изучений микробиома».Два высококлассных изучения микробиома, каковые надеются на QIIME, являются Людской Проектом Микробиома, ведомой Национальными Университетами Здоровья инициативой, сродни проекту генома человека, и американскому Проекту Пищеварительного тракта, crowdsourced, crowdfunded проект, в котором команда Рыцаря упорядочивает как возможно больше человеческих образцов микробиома от любого, кто желает принимать участие.«QIIME, выяснилось, был обширно успешным общедоступным проектом – уникальная бумага, отечественная несколько, изданная на нем в 2010, была процитирована больше чем тремя тысячами вторых бумаг с того времени», сообщили Йошики Васкес-Баэса, поступающая Информатика Сан-Диего UC и Технический аспирант в лаборатории Рыцаря. «Это сотрудничество, среди многих вторых вещей, окажет помощь нам увеличить отечественную пользовательскую базу и расширить доступность отечественных способов».
Как Рыцарь и больше чем 25 вторых участников его лаборатории, Васкес-Баэса переместил от Колорадо до Сан-Диего UC в текущем году, частично из-за инновационных ресурсов и совместного духа, отысканных в изучении наук о жизни Сан-Диего и сообществе биотехнологии.«BaseSpace – облачное ответ для хранилища данных и аналитических вариантов, каковые оказывают помощь оптимизировать обработку на вид повсеместных геномных и метагеномных информации о последовательности, каковые исследователи создают ежедневно», сообщил Джей Патель, младший менеджер по продукту приложений BaseSpace в Illumina. «QIIME – высоко применяемый инструмент в изучении метагеномики, и мы радостны сделать его частью экосистемы Illumina».Исследователи уже стремятся применять QIIME в собственных собственных изучениях, включая многих в Сан-Диего UC.
«Мы сохраняем надежду применять QIIME на BaseSpace для отечественного грядущего глубокого погружения в различия в людской микробиоме пищеварительного тракта у здоровых людей если сравнивать с людьми с воспалительным заболеванием кишечника», сообщил Ларри Смарр, врач философии, директор и преподаватель-основатель Калифорнийского Информационных технологий и Института Телекоммуникаций (Calit2) в Сан-Диего UC.Вот то, как Рыцарь, Smarr и их команды собираются применить QIIME, дабы выяснить, связаны ли определенные микробы с воспалительным заболеванием кишечника (IBD). Они обработают фекальные образцы от группы больных IBD и контрольной группы здоровых людей и отправят микробный генетический материал, что они собирают к Университету Медицинской школы Сан-Диего UC Геномной Медицины чтобы упорядочить. В то время, когда полный, исследователи возьмут Email от директора средства, показывающего, что их эти дешёвы на BaseSpace.
Когда они регистрируются в BaseSpace и нажимают на приложение QIIME, исследователи будут видеть собственные данные и просить, дабы программа произвела 3D scatterplot различий и сходств между их IBD и здоровыми примерами контроля. В случае если будет большая отличие в микробном населении, существующем в этих двух группах, то исследователи возвратятся в лабораторию, дабы потом изучить какие роли и те различия обстоятельства-или-эффекта они имели возможность бы играться в IBD.В конечном итоге Рыцарь, Smarr и команда сохраняют надежду, что они будут в состоянии применять эти сведенья, дабы развивать новые тесты, каковые предвещают риск человека развития IBD и новых способов чтобы лечить заболевание.
В соответствии с продвижению геномного и метагеномного специалиста собрания Павла Певзнера, доктора философии, доктора наук Рональда Р. Тейлора Информатики в Сан-Диего UC и Говарда Хьюза Медин, добавление QIIME к BaseSpace додаёт к растущему сотрудничеству между Сан-Диего UC и Illumina на вычислительных аппаратах.«Отечественное собственное ПО – Ассемблер Генома Лопат – был дешёв в Illumina BaseSpace app store в течение некоего времени и помог тысячам пользователей собрать собственные информацию о геноме в диапазоне медицинского и научного применения», сообщил Певзнер, что кроме этого направляет Центр NIH Вычислительной Весов-спектрометрии. «Добавление QIIME к расширяющемуся набору инструментов ведущего в мире ПО биоинформатики для геномного и метагеномного анализа прокладывает путь к сотрудничеству и будущим инновациям с Illumina в этом космосе».