Вирусные сравнения: Исследовательская группа применяет экспертное знание геномики, чтобы проанализировать, нанести на карту вирусную базу данных последовательности

«Если бы Вы должны были забрать все вирусы с планеты и положить их рядом, протяженность была бы 1,000 раз длиной Млечного пути», сообщил Дэвид Ассери, что возглавляет сравнительную группу геномики в Окриджской национальной лаборатории Министерства энергетики.Эта вселенная вирусов по большей части неизведанна, именно в то время, когда новые вирусы систематично определяются в метагеномных изучениях что последовательность и образец разные вирусные разновидности. Ученые применяют передовые генетические упорядочивающие способы, дабы упорядочить много вирусных геномов в течение часов.

Но познание данных есть проблемой.Команда ORNL сравнительной геномики и вычислительных научных исследователей пробует принести некий заказ к данной вирусной перегрузке данных. В недавнем изучении, размещённом в FEMS Microbiology Reviews, Ussery и команда исследователей сравнили примерно 4 000 полных вирусных геномов, загруженных с публичной базы данных, известной как GenBank.

Сжимая файлы последовательности, команда создала вирусную древовидную диаграмму, которая планирует отношения среди всех разных семейств вирусов. Ассери отмечает, что число не подлинное эволюционное дерево. Скорее это приблизительно приближается, как расходящиеся последовательности друг от друга.«Никто не издал древовидную диаграмму как это всех вирусов», сообщил он. «Это – пример того, где мы желаем пойти с позиций создания вычислительных средств, дабы сделать эти виды сравнений».

Длящиеся биологические вычислительное сотрудничество и науки команды принесут пользу вторым научно-исследовательским работам ORNL, каковые надеются на сравнительную геномику и экологическую метагеномику. Инфраструктура хранения для вирусных геномов будет являться шаблоном и прототипом для бактериального, грибкового и геномов завода, каковые употребляются в Интерфейсах Микроба Завода лаборатории и проектах Научного центра BioEnergy.«Вирусные геномы малы – один миллион раз, меньший, чем геномы человека», сообщил Ассери. «В принципе это должен быть легче миллион раз.

Вы должны начать с чего-то мелкого и послушного и создать собственный путь».Как пример, исследователи применяли сравнительную карту, дабы более тесно проанализировать последовательности в семье Filovirus, которая включает Марбургские вирусы и Эболу. Сравнение геномов и познание изменчивости в геноме отдельного вируса имели возможность сказать упрочнениям в предотвращении либо ответе на вспышки, такие как эпидемия Эболы в Западной Африке. Ассери растолковывает, что было бы вероятно забрать последовательность генома для нового вируса и скоро отыскать самых родных соседей.

«Мысль в будущем, в случае если имеется вспышка, Вы имеете возможность применять последовательности генома, собранные от людей по всей стране, дабы отследить распространение в реальном времени практически таким же методом, которым мы отслеживаем погоду», сообщил он.Подобно, сравнительная геномика нужна в направлении иммунологов к потенциальному лечению.

Сотрудники на бумаге FEMS, во главе с Оле Люндом из Датского технического университета, применяли сравнительный упорядочивающий анализ, дабы искать определенные области белка вируса Эбола, что мог быть потенциальными целями развития вакцины.Обеспечение сотрудничества среди геномики, вычислительной и специалисты по здоровью, есть главной ролью для ORNL, растолковывает Майкл Леуз, что управляет Вычислительную Биомолекулярную группу Моделирования и Биоинформатики лаборатории.

Он и Ussery предполагают создание центра, что усиливает экспертные знания лаборатории в геномике, информатике и громадных данных и нейтронной науке.«Многие технологии и способы, каковые мы используем на регулярной базе, применимы к вирусам», сообщил он. «Контакт с вирусными вспышками за пределами отечественного количества, но познание геномики вирусов есть областью, где мы можем сделать настоящий вклад».

7 комментариев к “Вирусные сравнения: Исследовательская группа применяет экспертное знание геномики, чтобы проанализировать, нанести на карту вирусную базу данных последовательности”

  1. Елышев Дмитрий

    Вы серите кругом,куда сцуко не зайдете,я в туристическом бизнесе работаю в Италии,рюзьке свиньи,одеваются в бутиках,бабы там педикюры-маникюры с завивками и массажами делают,а вот ваша плебейская рюзьке натура позволяет вам заснуть в тарелках своими мордами!!Стыдоба!)

Оставьте комментарий