Поллард, основной следователь в Университетах Кожаного саквояжа и учитель эпидемиологии и биостатистики в Калифорнийском университете, Сан-Франциско, поставил представление, названное «Оценка Таксономического и Функционального Разнообразия в Метагеномах Ружья» на протяжении приглашенной сессии, сосредоточенной на статистике, микробиоме и здоровье человека.«Тогда как мы только что начинаем осознавать сложную ролевую игру микробов в людской биологии, это – ясные определенные трансформации в микробной флоре, связаны с – и время от времени вызывают либо вылечивают – заболевание в хозяине», сообщил Поллард, растолковывая ее центр изучения. «Кое-какие оптимальнее поддержанные связи с аутоиммунными заболеваниями, каковые увеличиваются В США, вероятно из-за отсутствия воздействия и использования антибиотиков разнообразной коллекции микробов на протяжении детства. Эта ‘догадка гигиены’ предполагает, что риск для здоровья, не относящийся к людской генетике и поведению, может случиться от различий в составе микробиома между людьми».
Помимо этого, эта микробная разновидность может поделить меньше чем 50% тех же самых генов, в то время, когда отыскано у двух человек. Эти различия отслеживают с функциональными возможностями микробных сообществ, включая гены, которые связаны с сахарным метаболизмом, синтезом и двухкомпонентными совокупностями. «Два человека с теми же самыми видами бактерий в их кишках имели возможность испытать совсем другие сотрудничества с этими бактериями, по причине того, что разные напряжения просто не делают того же самого», сообщил Поллард.Исходя из этого принципиально важно выяснить не только типы микробов, существующих в данном примере, вместе с тем и организации генетического материала каждого напряжения. Но это представляет собой серьёзную проблему Громадных данных, требуя достижений в новом и статистической методологии программном обеспечении для правильного анализа информации о метагеномике. «Развитие метагеномного упорядочивания всей ДНК в микробном примере от людской тела разрешило нам оценивать изобилие определенных микробных генов и микробов.
Но, как с любой новой разработкой, у метагеномики имеется большое количество ошибок и уклонов, каковые должны быть исправлены аналитически, перед тем как мы сможем совершенно верно сравнить эти через образцы», сообщил Поллард. «Это ограничило степени и наше понимание и действия микробного трансформации во многой окружающей среде, самое основное человеческий микробиом».Метагеномика ставит большое количество аналитических неприятностей от неточностей, просматривая последовательности ДНК к расшифровке, какие конкретно последовательности прибывают из что из сотен микробных разновидностей в примере микробиома. Одна из самых громадных неприятностей – многие микробные напряжения в данном человеке, ни при каких обстоятельствах не упорядочивались. Кроме того в прекрасно изученном микробиоме пищеварительного тракта человека, это было оценено, в среднем, 43% изобилия разновидностей не могли быть захвачены дешёвыми микробными справочными аналитическими способами.
Дабы обратиться это и другие неприятности изучения микробиома, Поллард и Стивен Нейфак, аспирант биоинформатики в группе Полларда в Университетах Кожаного саквояжа, развивали номер люкс нового статистического ПО к скоро, и совершенно верно оцените присутствие и функцию микробов в метагеноме. Их программы – названный MicrobeCensus, ShotMAP и PhyloCNV – сделанный большими методологическими улучшениями, каковые разрешили ученым совершенно верно определять количество определенных напряжений в людской упорядочивающем применении микробиома, просматривают всего 50 пар оснований.Применяя новые инструменты, лаборатория Полларда изучила открытие, о котором информируют, что у страдающих ожирением людей имеется более низкое отношение бактерий от филюма Bacteroidetes бактериям от филюма Firmicutes если сравнивать с худощавыми людьми. Не смотря на то, что научная литература и неспециализированные СМИ заявили эту ассоциацию как примечательную, пара отчетов подвергли сомнению ее существование.
Дабы проверить правомерность ассоциации, несколько Полларда совершила широкую оценку взаимоотношений между индексом массы тела (BMI) и таксономическим составом микробиома пищеварительного тракта. Их метаанализ данных из многократных изучений не отыскал большую ассоциацию между BMI и относительным изобилием никаких бактериальных разновидностей, сообщил Поллард на протяжении ее представления.
Она заявила, что новые статистические успехи разрешат ученым выполнить другие формы изучения микробиома, такие как идентификация микробных генов и разновидностей, каковые являются биомаркерами для начала заболевания либо проводящий разработку лекарственного средства, которая предназначается для микробиома.«Микробиом светло играет роль в биологии хозяина, но эта роль сложна и должна быть проанализирована в контексте диеты, наркотиков и генетики хозяина», она завершила.