Содействие анализу данных упорядочивания следующего поколения, чтобы облегчить исследование

Информируя об их платформе в Биологии Генома, ученые говорят, что новая платформа – названный BioWardrobe – имела возможность оказать помощь биомедицинским исследователям ответить на вопросы и о базисной биологии и о болезни.Недавнее стремительное повышение упорядочивания нового поколения (NGS) – основанные способы для анализа экспрессии гена, взаимодействий и структуры хроматина ДНК белка открыло новые горизонты для молекулярной биологии. Эти способы включают упорядочивающий РНК (РНК-Seq), хроматин immunoprecipitation упорядочивающий (ЧИПА-Seq), дезоксирибонуклеаза я упорядочивающий (дезоксирибонуклеазу-Seq), micrococcal нуклеаза, упорядочивающая (MNase-Seq), оценивают для transposase-дешёвого хроматина, упорядочивающего (ATAC-Seq) и других.Чистый количество данных, взятых из упорядочивания, требует вычислительного анализа данных.

Но экспертное знание биоинформатики и программирования, требуемое для этого анализа, в большинстве случаев отсутствует в обычных биомедицинских лабораториях, по словам авторов. Это ведет к недоступности данных либо задержкам применения современного упорядочивания – базирующиеся разработки к неотложным вопросам по большей части и связанном со здоровьем изучении.

«Не смотря на то, что биологи смогут выполнить опыты и получить информацию, они довольно часто испытывают недочёт в программном экспертном знании, требуемом выполнить вычислительный анализ данных», говорит Артем Барский, врач философии, ведущий доцент и автор в Иммунологии и Подразделениях Аллергии и Людской Генетики в Детском Цинциннати. «BioWardrobe пытается уполномочивать исследователей, ликвидируя данный разрыв между данными и знанием».Андрей Карташов, Миссисипи и Барский совместно развивали BioWardrobe, дабы уменьшить использование и анализ и сравнительно не так давно произведенных и публично дешёвых комплектов данных.

«Огромные суммы изданных данных были депонированы в публичных базах данных, таких как Экспрессия гена Безграничный либо Маленький Прочтённый Архив, но остаются недоступными практически всем исследователей из-за отсутствия экспертного знания биоинформатики», сообщил Карташов. «BioWardrobe разрешает биологам разбирать эти, не имея необходимость изучать, как программировать».