Алгоритм характеризует, как скремблируются геномы рака: инструмент Исследования определяет взаимодействия, вовлеченные в генетические изменения

Цзянь Ма, адъюнкт-доктор наук в Вычислительном Отделе Биологии Университета Карнеги-Меллон, заявил, что его новый метод, названный Уивер, имел возможность стать ответственным инструментом для идентификации сотрудничеств трансформаций в ДНК раковой клетки, каковые ведут заболевание.«Эта работа применяет строгий и красивый подход, дабы дать лучшую картину трансформаций генома, каковые происходят на протяжении эволюции отдельных раковых образований», сообщил Роберт Ф. Murphy, Ray & Stephanie Lane Professor и Глава Школы Вычислительного Отдела Биологии Информатики. «Наличие более четкой картины может оказать помощь выяснить особенности, такие как живой отклик к наркотикам, каковые отличают раковые образования и возможно помогут формированию более персонализированного лечения».

Отчет об данной работе мамы и его бывшего аспиранта в Иллинойсском университете в Урбане-Шампейне, Янга Ли, был опубликован онлайн изданием Cell Systems.Генетический код здоровой клетки воплощен 23 парами хромосом, «но в опухолевых клетках, он всецело скремблируется», сообщил Ма. Большое количество случаев рака, как мы знаем, дают начало бессчётным копиям хромосом, типу мутации, известной как анеуплоидия. Подобно, раковые клетки, как мы знаем, подвергаются второму типу мутации, названной изменениями структуры, в которых последовательности ДНК в хромосомах перестроены и дублировали.

Оба из этих генетических трансформаций смогут случиться в той же самой клетке, но до сих пор отделиться, способы должны были употребляться, дабы выяснить количество их. Ткач, но, делает эти изучения, в один момент применяя тот же самый вход – целые информацию об упорядочивающем генома.Преимущество исполнения этих изучений в один момент пребывает в том, что исследователи смогут сейчас видеть, как анеуплоидия затронута изменениями структуры и напротив.

В то время, когда изучения сделаны раздельно, эти сотрудничества тяжело выяснить.Ткач применяет вероятностную графическую модель по имени Марков Случайная Область, которая разрешает исследователям визуализировать не только количество мутаций, вместе с тем и как они соединяются между собой.

«Это высказывает нам лучшее вывод на сложность геномов рака», сообщил Ма. Это может оказать помощь исследователям лучше характеризовать раковые образования либо осознать, какие конкретно комбинации генетических трансформаций имели возможность бы затронуть поведение рака для того же самого типа рака либо для разных типов рака.Ма заявил, что ожидает, что Уивер имела возможность обеспечить нужную возможность для изучений атласа генома рака (TCGA), сотрудничества между Национальным Онкологическим университетом и Национальным НИИ Генома человека, что обрисовал геномы тканей опухоли и соответствовал обычным тканям больше чем от 11 000 больных.

Общедоступный комплект данных TCGA включает геномы для 33 разных типов опухоли.Мама и Ли применили Уивер к целым данным об упорядочивающем генома для двух линий раковых клеток и к раку яичника от TCGA.

При образцов рака яичника Уивер выяснила дублированные хромосомные регионы, вызванные определенным типом структурного трансформации, ассоциация, о которой не ранее информируют.

KRISTMAS.RU