Первая работа, изданная в Издании Химической Физики в августе 2016, фокусируется на обеспечении, что точность Параллельных ШАГОВ сопоставима с простыми способами. В простых подходах партнер вычислений нейронных химических распространения и реакций молекулы все вычислен на одну вычислительную единицу обработки либо ‘ядро’ последовательно.
Но врач Иэн коллеги и Хепберн ввели новый подход, дабы выполнить распространения и вычисления реакции параллельно, которое может тогда быть распределено по многократным компьютерным ядрам, поддерживая точность моделирования в высокой степени. Ключ должен был создать уникальный метод, поделённый на две части – та, которая вычислила события химической реакции и другие события распространения.«Мы удостоверились в надежности диапазон образцовых моделирований от несложных моделей распространения до реалистических биологических моделей и нашли, что имели возможность достигнуть улучшенной работы, применяя параллельный подход с минимальной утратой точности.
Это показало потенциальную пригодность способа в более большом масштабе», говорит врач Хепберн.В связанной работе, размещённой в Границах в Нейроинформатике в этом феврале, врач Вэйлян Чэнь представил подробности внедрения Параллельных ШАГОВ и изучил его возможное применение и работу. Ломкой частичной модели ячейки Purkinje – одним из самых громадных нейронов в мозгу – в 50 – 1 000 разделов и моделированием распространения и событий реакции для каждого раздела параллельно на суперкомпьютере Sango в OIST, враче коллегах и Чене видели значительно увеличенные скорости вычисления.
Они удостоверились в надежности данный подход и к несложным моделям и к более сложным моделям взрывов кальция в ячейках Purkinje и показали, что параллельное моделирование имело возможность ускорить вычисления больше чем в пара сотен раза больше чем это простых способов.«Совместно, отечественные результаты говорят о том, что Параллельное внедрение ШАГОВ достигает значительных улучшений в работе и хорошей масштабируемости», говорит врач Чен. «Подобные модели, каковые ранее “настойчиво попросили” месяцев моделирования, смогут сейчас быть закончены в течение часов либо мин., означая, что мы можем создать и моделировать более сложные модели и определить больше о мозге за более маленькое время».
Врач доктор и Хепберн Чен от Вычислительного Отделения Нейробиологии OIST, во главе с доктором наук Эриком Де Шютте, деятельно сотрудничают с Проектом Людской мозга, интернациональная инициатива, базирующаяся в Федеральной политехнической школе Лозанны (EPFL) в Швейцарии, дабы развивать более прочную версию Параллельных ШАГОВ, которая включает моделирование электрического поля клеточных мембран.До сих пор ШАГИ лишь реалистично способны к моделированию частей нейронов, но с помощью Параллельных ШАГОВ, Вычислительная Единица Нейробиологии сохраняет надежду создать полномасштабную модель целого нейрона и потом сотрудничеств между нейронами в сети. Сотрудничая с командой EPFL и применяя IBM ‘светло синий Gene/Q’ суперкомпьютер, расположенный в том месте, они стремятся достигать этих целей в скором времени.
«Благодаря современным суперкомпьютерам мы можем изучить молекулярные события в нейронах намного более прозрачным методом, чем прежде», говорит доктор наук Де Шютте. «Отечественное изучение открывает занимательные проспекты в вычислительной нейробиологии, которая связывает биохимию с электрофизиологией в первый раз».