Метагеномика относится к науке о генетическом изучении целых сообществ микроорганизмов, в противоположность упорядочиванию единственных разновидностей, выращенных в культуре.«Микробы смехотворно серьёзны для жизни», сообщил Дэвид Кослики, доцент математики в Колледже OSU Науки. «Они не только смогут позвать страшные вещи случиться, как болезнь и упадок, но в целом, в подавляющем большинстве, микробы – наши друзья. Без них делающий их работы, зерновые культуры не могли вырасти кроме этого, будет тяжело переварить отечественную еду, мы не могли бы стать сонными в подходящее время. Микробы так фундаментальны для жизни для здоровья, мы вправду должны знать столько, сколько мы можем о них».
Koslicki, фаворит в изучении всего университета и программе обучения, известной как OMBI – Инициатива Микробиома OSU – обрисовали результаты, изданные сравнительно не так давно по собственной природе Способы, как «отрезвление».«Нет громадного количества известных, прекрасно характеризуемых инструментов и вычислительных методов, каковые смогут применять биологи», сообщил он. «И оценка продемонстрировала, что большое количество применяемых инструментов не делает практически, и первоначально думалось, так, имеется определенно простор для совершенствования в том месте.«Но в зависимости от обстановки, что биолог интересуется, имеется определенно разные инструменты, каковые, выяснилось, были лучшими до сих пор».
Метагеномика – довольно новая область, которая развивалась скоро, когда упорядочивание нового поколения стало достаточно недорогим, что рассмотрение всех микробных сообществ стало экономически целесообразным, сообщил Кослики.«Обычное представление о биологии – мокрая лаборатория и все как данный, но целый второй нюанс имеет отношение к этим высокая пропускная свойство методы получить доступ к генетическому материалу», сообщил он. «Вы заканчиваете с тонной данных, и в то время, когда Вы заканчиваете с тонной данных, Вы вводите новую проблему: Как я извлекаю серьёзную данные из него?
Вы должны придумать метод, что разрешает биологам отвечать на вопросы, каковые они вычисляют ответственными: Что существа в том месте, сколько в том месте, что они делают, в том месте какие-либо вирусы? Мы должны ответить на те вопросы и не только ответить на них скоро, вместе с тем и иметь собственного рода идею, как правильный ответ».
Головокружительное множество биологов инструментов применяет, дабы постараться ответить на те вопросы, «частично похож на Дикий Запад», сообщил Кослики. «Если Вы желаете изучить, какие конкретно бактерии находятся в примере, имеется не меньше чем три либо четыре дюжины разных людей инструментов, придумали, и достаточно бессвязным методом. У Вас имеется команды статистиков, математиков, биологов, биологов, инженеров все рассмотрение этого с их собственных точек зрения и придумывающий их личные инструменты.
Тогда биолог конечного пользователя приезжает и сталкивается с 40 разными инструментами, и как они знают, как хороший они при ответе на вопросы, в которых они нуждаются, ответил?»Изучение Кослики, известное как неприятность CAMI – критическая оценка интерпретации метагенома – было нацелено на рейтинг тех инструментов, дабы дать замысел действий биологам.
«Неприятность наняла глобальное сообщество разработчиков, дабы выяснить эффективность их программ на сверхсложных и реалистических комплектах данных, произведенных приблизительно от 700 сравнительно не так давно упорядоченных микроорганизмов и примерно 600 плазмид и новых вирусов и представления неспециализированных экспериментальных установок», сообщил он. «Это было свободной инициативой. В большинстве случаев, в то время, когда инструменты сравнены, это присоединено к публикации нового способа, это сравнивается с другими инструментами, каковые делают хуже, так, новый способ выглядит хорошим.
Не было громадного свободного изучения, в которое в действительности трудятся инструменты, как прекрасно они трудятся, какие конкретно эти делают их прекрасно на и т.д.».Английский Научный совет Технических Физики и наук, американское Министерство энергетики, Несколько Превосходства на Растениеводстве, австралийском Научном совете, европейском Научном совете, Агентстве для Науки, Исследования и Технологии Сингапур, Фонд Lundbeck и Национальный научный фонд поддержали это изучение.